V roce 1994 jsem ukončil studium na Akademickém Gymnáziu hl. m. Prahy ve Štěpánské ulici, na podzim roku 2000 jsem na Přírodovědecké fakultě UK na katedře genetiky a mikrobiologie obhájil diplomovou práci pod vedením Martina Pospíška. Zabýval jsem se charakterizací dsRNA viru usazeného v buňkách kvasinky Dipodascus magnusii. Některé kvasinky a další houby v sobě obsahují viry, které jim zdánlivě neškodí a zároveň jim tyto viry umožňují produkovat do okolního prostředí zvláštní bílkovinu -- toxin -- a zároveň jsou proti tomuto toxinu imunní. Tyto virem infikované kvasinky tak získaly výhodu nad těmi neinfikovanými (a k toxinu citlivými) a proto se mohou na rozdíl od ostatních rychleji množit a konkurentky vybít. Dalších znalostí v této oblasti by se dalo využít v kvasné technologii, ať již při výrobě piva nebo droždí (jinými slovy, když v pivovaru spadne do kádě takováto kvasinka tak vybije pivařské kmeny kvasinek a sládek pak může nechat káď vylít) ale také třeba i v léčbě plesnivé kůže.
Po přečtení úsměvného textu Úvod do matfyzáka jsem pro pobavení začal sepisovat podobně text nazvaný Úvod do přírodovědce. Během studia biologie jsem čtyři roky spravoval některé Unixové servery na fakultě.
Z té doby kdy jsem se současně se studiem věnoval správě fakultní počítačové sítě a hlavního serveru (1996-1999) jsou dnes již archivní stránky věnované Sendmailu, filtrovací skripty na filtrování pošty včetně jejího přesměrování na mobil a mnohé další. Ke sdílení souborů mezi počítači místo NFS na fakultě jsme používali AFS.
Po dokončení experimentální diplomky jsem se přesunul více na rozhraní biologie a počítačů, do oboru dnes nazývaného bioinformatika. 2,5 roku jsem studoval/pracoval v mnichovském centru pro výzkum proteinů (MIPS) kde jsem krmil počítače vstupními daty, resp. na nich provozovaný software PEDANT. PEDANT umožňuje automatickou analýzu genů: samotné pojmenovaní na základě dostupných sekvenčně podobných genů, vyhledání strukturně podobých genů v databázích, přiřazení předpokládatelných funkcí jimi kódovaných bílkovin. Později jsem pracoval na vývoji katalogu umožňujícího klasifikaci proteinů podle jejich funkce (FunCat). Při práci s databází PEDANT jsem se hodně staral i o údržbu databázového serveru a jednotlivých, asi 150 databází. Pro zjednodušení údržby MySQL databází jsem vytvořil pár jednoduchých programů (mysql-tools).
V Mnichově jsem potkal nemálo Čechů a Slováků a každý měl ... různé zážitky. Pokud se chcete pobavit jak se žije/studuje/pracuje v německém/bavorském Mnichově čtěte dál. Kdo pobyl v zahraničí delší dobu tak ví o čem mluvím :-).
Po návratu z Německa jsem se věnoval dizertační práci, kterou jsem po 2 letech práce na IRESite databázi ukončil v říjnu 2005. Ta umožňuje analyzovat nashromážděné experimentální výsledky, jejichž cílem je zjistit jakým způsobem buňky produkují bílkoviny a jak je tento postup regulován. V krátkosti, existuje několik modelů jak se reguluje tvorba bílkovin a nás zajímá právě jeden z nich. Především se reguluje proces zahajování tvorby každé jednotlivé bílkoviny a to proto že tento krok vyžaduje aby se ve správný čas na správném místě a ve správném pořadí setkaly nějaké molekuly bílkovin a složily se dohromady do jedné velké, zvláštně tvarované koule (asi 100 různých bílkovin) a nebo tomu procesu aspoň napomohly. Práce na údržbě a zlepšování IRESite trvaly ještě pár dalších let, k tomu jsem vedl studenty a přibíral vedlejší projekty.
Jedním z takových vedlejších témat byla anotace genomu jedné dřevokazné houby Postia placenta ve spolupráci s americkým DOE Joint Genome Institute. Zaměřil jsem se na vyhledávání a popis/anotaci genů majících roli v syntéze bílkovin (jak jinak) ;-). Následně jsem pracoval ve Všeobecné fakultní nemocnici na analýze hrubých sekvenačních dat z Roche 454 pyrosekvenátoru. Sekvenovali jsme vzorky genomů baktérie a kvasinky, transkriptom zajímavé ryby, amplifikované úseky z lidského genomu a transkriptomu. Bioinformatika je hodně o programování a hodí se znalosti administrace UNIXu, samozřejmě znalost biologie, zejména molekulární biologie-genetiky-virologie-genomiky je rovněž nutná. Těžko už jen používat nějaký program který má něco odborného dělat když věci nerozumíte. A protože programy občas nefungují jak mají tak Vaše počítačové znalosti jsou velkým plus.
Pod mým vedením vypracovalo na bioinformatická témata svoji bakalářskou (BP) či později i diplomní (DP) práci několik studentů:
Další studenti:
Nevěnuji se ale jenom výzkumu. Rád běžkuji, věnuji se pěší turistice a pro případ potřeby nejraději rovnou se stanem v batohu, prostě vysokohorská turistika (VHT). :-) Krásný byl Elbrus [RU], Fletschhorn a Lagginhorn [CH], Weissmieshorn [CH] ale taky třeba Galenstock&Tieralplistock [CH]. Už tak nějak ze zvyku se snažím udržovat na svých stránkách nějaké odkazy na relevantní informace co se týče turistiky na Kavkazu a nějak i Ruska. Pár nekonzistentních textů o turistice ve Švýcarsku vzniklo během 6-ti měsíčního pobytu v Basileji v roce 1999 kdy jsem hodně chodil po Švýcarských horách a ledovcích s členy "Berg und Ski Club Novartis, AG". Jsem vodák a jako mnohý jsem začínal na kanoi a časem jsem přešel na kajak. A na závěr nějaké fotky: vodácké a nevodácké.
Publikační aktivita:
Gabriel J., Mokrejš M., Bílý J., Rychlovský P. (1994) Accumulation of Heavy Metals by Some Wood-Rotting Fungi, Folia Microbiol. 39: 115-118
Pospíšek M., Zikánová B., Mokrejš M. (2001) Purification and characterization of the Dipodascus (Endomyces) magnusii toxin, Yeast 18: S334-S334 Suppl. 1
Mewes H. W., Frishman D., Guldener U., Mannhaupt G., Mayer K., Mokrejš M., Morgenstern B., Munsterkotter M., Rudd S., and Weil B. (2002) MIPS: a database for genomes and protein sequences, Nucleic Acids Res. 30: 31-34
Frishman D., Mokrejš M., Kosykh D., Karstenmuller G., Kolesov G., Zubrzycki I., Gruber C., Geier B., Kaps A., Volz A., Wagner C., Fellenberg M., Heumann K., Mewes H.-W. (2003) The Pedant genome database, Nucleic Acids Res. 31: 207-211
Crass T., Antes I, Basekow R., Bork P., Buning C., Christensen M., Claußen H., Ebeling C., Ernst P., Gailus-Durner V., Glatting K.-H., Gohla R., Gößling F., Grote K., Heidtke K., Herrmann A., O'Keeffe S., Kießlich O., Kolibal S., Korbel J. O., Lengauer T., Liebich I., van der Linden M., Luz H., Meissner K., von Mering C., Mevissen H.-T., Mewes H.-W., Michael H., Mokrejs M., Müller T., Pospisil H., Rarey M., Reich J. G., Schneider R., Schomburg D., Schulze-Kremer S., Schwarzer K., Sommer I., Springstubbe S., Suhai S., Thoppae G., Vingron M., Warfsmann J., Werner T., Wetzler D., Wingender E., Zimmer R. (2004) The Helmholtz Network for Bioinformatics: an integrative web portal for bioinformatics resources. Bioinformatics. 20: 268-270
Ruepp A., Zollner A., Maier D., Albermann K., Hani J., Mokrejš M., Tetko I., Güldener U., Mannhaupt G., Münsterkötter M., Mewes H.-W. (2004) The FunCat, a functional annotation scheme for systematic classification of proteins from whole genomes. Nucleic Acid Res. 32: 5539-5545
Mokrejš M., Vopálenský V., Kolenatý O., Mašek T., Feketová Z., Sekyrová P., Škaloudová B., Kříž V., Pospíšek M. (2006) IRESite: The database of experimentally verified IRES structures (www.iresite.org). Nucleic Acids Res. 34: D125-D130; doi:10.1093/nar/gkj081; Supplementary material
Mokrejš M., Vopálenský V., Mašek T., Pospíšek M. (2007) Title: A Bioinformatical Approach to the Analysis of Viral and Cellular Internal Ribosome Entry Sites In: Columbus F editors. New Messenger RNA Research Communications. Hauppauge, NY: Nova Science Publishers; pp. 133-166 (abstract)
Vopálenský V., Mašek T., Horváth O., Vicenová B., Mokrejš M., Pospíšek M. (2008) Firefly luciferase gene contains a cryptic promoter. RNA 14:1720-1729, doi:10.1261/rna.831808
Martinez D. et al. (2009) Genome, transcriptome, and secretome analysis of wood decay fungus Postia placenta supports unique mechanisms of lignocellulose conversion. PNAS 106:1954-1959, doi: 10.1073/pnas.0809575106 (main article, appendix, supplements)
Mokrejš M., Mašek T., Hlubuček P., Delbos P., Pospíšek M. (2010) IRESite-a tool for the examination of viral and cellular internal ribosome entry sites. Nucleic Acids Res. 38:D131-D136; doi:10.1093/nar/gkp981
Dvorakova S., Sykorova V., Vaclavikova E., Sykorova P., Vlcek P., Kodetova D., Lastuvka P., Betka J., Mokrejs M., Vcelak J., Bendlova B. (2015) A 3-bp Deletion VK600-1E in the BRAF Gene Detected in a Young Woman with Papillary Thyroid Carcinoma. Endocr. Pathol. 26:309-314; DOI:10.1007/s12022-015-9387-2
Zemkova M., Zahradnik D., Mokrejs M., Flegr J. (2017) Parasitism as the Main Factor Shaping Peptide Vocabularies in Current Organisms. Parasitology 144: 975-983, DOI:10.1017/S0031182017000191
Chyra Z, Sevcikova T, Vojta P, Puterova J, Brozova L, Growkova K, Filipova J, Zatopkova M, Grosicki S, Barchnicka A, Jedrzejczak WW, Waszczuk-Gajda A, Jungova A, Mikulasova A, Hajduch M, Mokrejs M, Pour L, Stork M, Harvanova L, Mistrik M, Mikala G, Robak P, Czyz A, Debski J, Usnarska-Zubkiewicz L, Jurczyszyn A, Stejskal L, Morgan G, Kryukov F, Budinska E, Simicek M, Jelinek T, Hrdinka M, Hajek R. (2020) Heterogenous mutation spectrum and deregulated cellular pathways in aberrant plasma cells underline molecular pathology of light-chain amyloidosis. Haematologica. 106(2): DOI:10.3324/haematol.2019.239756. PMID: 32381580
Červená K., Pardini B., Urbanová M., Voděnková S., Pazourková E., Veškrnová V., Levý M., Buchler T., Mokrejš M., Naccarati A., Vodička P., Vymetálková V. (2021) Mutational landscape of plasma cell-free DNA identifies molecular features associated with therapeutic response in patients with colon cancer. A pilot study. Mutagenesis. DOI:10.1093/mutage/geab024
Janko K., Bartoš O., Kočí J., Roslein J., Drdová,-Janková E., Kotusz J., Eisner, J., Mokrejš M., Štefková-Kašparová E. (2021) Genome Fractionation and Loss of Heterozygosity in Hybrids and Polyploids: Mechanisms, Consequences for Selection, and Link to Gene Function. Mol. Biol. Evol.; DOI:10.1093/molbev/msab249
Fallon T.R., Čalounová T., Mokrejš M., Jing-Ke Weng, Pluskal T. (2023) transXpress: a Snakemake pipeline for streamlined de novo transcriptome assembly and annotation. BMC Bioinformatics 24:133; DOI:10.1186/s12859-023-05254-8
Studijní/odborné pobyty:
Duben - Září 1999 - Novartis Pharma AG, Basilej, Švýcarsko
Červen 2001 - Prosinec 2003 - MIPS - GSF, Mnichov, Německo
GPG klíč, nyní již zneplatněné PGP klíče 97 a 99. Pokud mi chcete zpřístupnit svůj UNIXovský účet přes ssh tak zde jsou moje klíče ssh1 a ssh2 :-)).